在起初，朱由检还是比较赞同兵部制度，毕竟稳定运行了这么久，而且和现代文明制度最为接近，应该是最好的。
在朱由检看来，只要将五军都督府下放到地方，重新发挥作用，形成类似战区的机构，而不是放在中央荒废，那么明朝的军事很快就会起来。
当初朱元璋将五军都督府放在京师，只是为了削弱武将的权力，而这种做法，在朱由检看来，太过于小心。今后，明军注定将是一支火器化的军队，后勤装备复杂，只要这块控制好，隐患虽然有，但相比五军都督府下放的好处，不值一提。
然而，他设想是好的，只是当他想要对内阁做出一些改变时，却忽然发现，这一切变了。
朱由检想要学习唐以前的皇帝，让圣旨不在受到文官的限制，让中旨变为最正统的圣旨，让中旨入阁成为奉旨入阁，将这些约定成俗的潜规则变成明文规定。
原本，大明皇帝的圣旨是没有这么多限制的，内阁根本不具有封还圣旨的权利，六科给事中也不具备这种权利，身为制度制定者的朱元璋是不可能给后代子孙留下这么大的掣肘。
这一切规
矩的形成，全部是文官一步步争取过来的，原本只是对错字的封还，被他们发展成为了驳回，而明朝的皇帝竟然一个个都觉得正常，没有一个人提出异议。
这当然是历史没学好的缘故，尤其是本朝历史，因此只能文官说什么就是什么。
不过，既然这种权利已经到了文官集团手中，那想要收回来，就非常的难。二朱由检的打算，还是和以前一样，进行利益交换。
他打算提高内阁地位，给予其名正言顺的大义，以此来交换这种圣旨地位的提升。然而，当内阁这种临时机构一旦变为正式机构，很多情况就大不相同。
皇帝和兵部就天然隔了一层，距离军权的距离又远了一些。如果说朱由检的地位只是首辅的话，这并没有什么不好，但当他身为皇帝，从上往下看时，内阁挡住了他伸向军权的途径。
若是文明开化，制度完善的现代国家，这自然是好的，但此刻并不是，造反的事情时有发生，一旦内阁正式对六部有了统管权，兵部的地位就至关重要，一旦有人图谋不轨，这种制度下极其容易成功。
这就是内阁一旦变为正式机构
的隐患，也是为什么，大明那么多文官，只想着增加内阁的权力，却从不谋求内阁地位的根本原因。
这样的话，他就陷入了两难之中，他想要谋求中旨变成圣旨的权势，而没有足够的利益交换，文官是不可能松口的。
中旨入阁已经是其极限，在想让中旨发挥更大的作用，或者明文规定下来，是绝对不可能的。
而用内阁正名的利益交换，又会给皇权埋下隐忧，但除了这个利益外，朱由检实在是想不到，还有什么可以交换的。
除非，统领军队的权力不在归属兵部管理，不再受内阁影响，如此一来，朱由检才能放下心来。
因此，最终，还是放弃了类似美国的大政府体制，打算选择后世的军委制度。这种制度古已有之，两宋的枢密院制度，明初的大都督府制度，都是最好的借鉴。
明初的大都督府并没有存在多久，并不具备借鉴性，因此朱由检能参考的，只有两宋的枢密院制度，当然后世的一些知识也能帮助到他。
这一番的交替思考，让朱由检豁然开朗，他终于明白，所谓的制度，体制，并无好坏之分，只有合适不合适
。
后世美国的很多政治习惯承袭自欧洲，而欧洲，发生的最多的，就是宫廷政变，这种政变并不需要太多的兵马，往往几个人就能成功，当然，这也和欧洲非常重视血统有关系，血统论的甚嚣尘上，让普通人根本无法染指中央政权。
但华夏这片古老大大地却不相同，早在战国时期，血统论就被抛弃了，而后更是喊出了‘王侯将相宁有种乎’的惊世之言，后来，又有人言‘天子，兵强马壮者为之’。
中华大地上，历来都是军事政变为主，若是不控制住军权，哪怕一个小兵，他也是有机会当上皇帝的。
因此，对军权，历来统治者都非常重视。
也因此，才有了枢密院制度，大都督府制度，军委制度。明朝文官的崛起，只是昙花一现，是历朝历代中仅有的一个短暂现象。
而事实也证明，当文官集团掌握了所有权利，失去了约束后，带来的不是文明和进步，而是疯狂的偷税漏税，疯狂的窃取国家利益，疯狂的为自己家族篡取特权。
枢密院制度，起源于唐朝，之后一直延绵到元朝，直到朱元璋废除枢密院，建立大都督府为
止，时间延绵几百年，中间的历程一言难尽。
不过，朱由检并不是想要重复历史上的枢密院，枢密院发展到宋朝，已经非常的庞大而臃肿，却没有多少实权，并不适宜此刻的大明，那样的机构复现出来，只是给文官换一种行事掌握兵权。
宋朝就是最好的例子，到了后期，经常都是宰相兼任枢密使，一开始分宰相兵权的意义已经没了。完全达不到他想把军权控制在自己手里，用以遏制文官集团的意图。