无奈之下，只好再次启用皇甫嵩，下诏拜皇甫嵩为左将军，督前将军董卓，合兵四万人以抵挡凉州叛军。
被凉州的坏消息一激，皇帝刘宏这下真的病了，虽然病势不算很重，但却一直迁延难愈。何进这下心中更加高兴，只是行事上却反而低调起来，戒急用忍，正在此时。
凉州的战事持续了好几个月，起初董卓建议皇甫嵩：“陈仓危急，请速救之。”皇甫嵩却按兵不动，并告诉董卓：“百战百胜，不如不战而屈人兵。陈仓虽小，城守固备，未易可拔。王国虽强，攻陈仓不下，其众必疲，疲而击之，全胜之道也，将何救焉！”
王国为攻陈仓八十馀日，没能攻破城池。转眼到了次年春天的二月，叛军久攻不下，士气低落，兵卒疲敝，干脆撤围而去，此时皇甫嵩才开始大举进兵。
董卓又来劝说：“兵法，穷寇勿迫，归众勿追。”皇甫嵩又给董卓上了一课：“不然。前吾不击，避其锐也；今而击之，待其衰也；所击疲师，非归众也；国众且走，莫有斗志，以整击乱，非穷寇也。”
皇甫嵩见董卓不想追击，干脆就让他垫后，自己独自率军追击，连战，大破叛军，斩首万馀级。董卓被皇甫嵩一顿教训，又惭又恨，却只能先记在心里。
逃回凉州的叛军余部，内部有生变乱，首领王国被废，几股势力开始争权夺利，甚至相互征战，三辅之地暂时安稳下来。