该书前四卷以爱弥儿为主人公，提出儿童成长的自然的重要时期，及与之相适应的教育原则、内容和方法。第一卷，着重论述了对两岁以前的婴儿如何进行体育教育，使儿童自然发展。第二卷，着重论述了对2岁~12岁的儿童进行感官教育。第三卷，论述了对12岁~15岁的少年进行智育教育。第四卷，着重论述了对15岁-20岁的青年进行德育教育。第五卷，以苏菲为范例，提出女子教育改革的样板，同时对男女青年的爱情教育也进行了论述。在这部著作中，卢梭把自己描写成一个理想的教师，又把爱弥儿描写为理想的学生，叙述了爱弥儿从出生到20岁成长和受教育的全过程，从中阐述了他的“自然教育”思想。从《爱弥儿》中，可以看出，卢梭认为教育的目的在于使人成为自然人，即他所谓的“依照自然的顺序”“信任自然”“以自然为唯一的圣经”“遵从良心者即是遵从自然”。这里所说的自然是绝对自由、平等而善良的环境，只有在这种状态下生活，人的生命才能提升到最高境界。卢梭认为儿童教育的目的在于促进他们的能力及器官的内部发育，教育能够使他们的头脑不停地活动，使他们的天赋得到最大限度的扩展。这种强调人类内在本性发展，并以儿童为本位的教育观点，是卢梭教育学说的重点。卢梭的自然主义以儿童为出发点，旨在培养儿童的身心及本性，即让儿童过着儿童应有的生活。他认为一个人的儿童时期对他的一生有着重要的价值和意义，所以不能用各种枷锁束缚儿童，阻碍他们自然本性的发展。这是卢梭的根本立场，也是他独具思想的教育学说的重要原则。基于此，卢梭提出了“直观教育”。“直观教育”，即直接教育，使儿童们接触到的直观事物与他们应该学习到的观念保持一致。卢梭认为12岁以前儿童的知识只限于感觉范围，还没有悟性；12岁以后才有理性的发挥。卢梭强调要儿童从客观的事物中去认识世界，感受世界，“直观教育”目的就是依据具体事实教导儿童，使外部的知识和儿童内在的认识能力完全一致。卢梭认为应该按照儿童身心发展规律予以适当的教育方式，以免超出儿童的接受能力。他指出《鲁滨孙漂流记》是实施儿童教育最理想的教材。他说：“教育儿童并不是要读文学名著，而是要认识自然，感受自然。”即通过阅读自然书籍了解外界知识，而不是以抽象的文字、语言去获得知识。《爱弥儿》问世以后，迅速传播到整个欧洲，并引起强烈的反响。卢梭的自然教育思想对许多教育家都产生过巨大的影响，如巴西多、康德、裴斯泰洛齐和杜威都从不同方面受到卢梭思想的启发。