为政以德。
汉武帝晚年常年外出游幸天下，每每出宫便将诸事交付给刘据，宫中事务交付给皇后。如果有所裁决，待武帝回宫后就将其中最重要的事向他报告，汉武帝也没有不同意的，有时甚至不过问。在施政方面，汉武帝用法严厉，任用的多是严苛残酷的酷吏；而太子性格宽厚，却也有固执己见的一面，经常将一些他认为处罚过重的事进行平反。
刘据这样做虽然得百姓之心，但那些执法大臣皆不高兴。皇后害怕长此下去会引来祸事，每每告诫刘据应注意顺从武帝的意思，不应擅自有所纵容而宽赦罪人。汉武帝听说此事之后，赞赏太子的做法，而对皇后的说法不以为然。群小构陷群臣中，为人宽厚的皆依附太子。而用法严苛的则俱诋毁太子。由于奸邪的臣子大多结党，所以在武帝身边赞赏太子的人少，故意诋毁的人反而多。
元封五年（公元前106年），卫青去世后，那些奸邪之臣认为太子不再有外家的靠山，因害怕太子即位后对自己不利，于是开始竞相陷害太子。汉武帝与几个儿子很少在一起，与皇后也难得见面。一次，太子进宫谒见皇后，过了很久时间，才从宫中出来。黄门苏文向汉武帝报告说：“太子调戏宫女。”
于是汉武帝将太子宫中的宫女增加到二百人。后来太子知道了这件事，便对苏文怀恨。苏文与小黄门常融、王弼等经常暗中寻找太子的过失，然后再去添枝加叶地向汉武帝报告。对此，皇后恨得咬牙切齿，让太子禀明皇上杀死苏文等人。太子却十分信任自己的父亲，说：“只要我不做错事，又何必怕苏文等人！皇上圣明，不会相信邪恶谗言，用不着忧虑。”
有一次，汉武帝感到身体有点不舒服，派常融去召太子，常融回来后对汉武帝言道：“太子面带喜色。”汉武帝默然无语。及至太子来到，汉武帝观其神色，见他脸上有泪痕，却强装有说有笑，汉武帝感到很奇怪，再暗中查问，才得知事情真相，于是将常融处死。皇后自己也小心防备，远避嫌疑，所以尽管已年老失宠，却仍能使汉武帝以礼相待。
驰道结隙太始年间，以告发赵王刘彭祖的太子刘丹而起事的赵国人江充，因“不畏权贵”受武帝重用。有一次刘据派使者去甘泉宫问候武帝，使者乘着马车行驶在驰道上，恰巧被跟随武帝去甘泉宫的江充遇上。因驰道为天子的御用通道，臣子百官没有得到许可皆不可行驶其上。于是江充就将刘据的使者扣押。
刘据得到消息之后，派人向江充道歉说：“不是我可惜车马，实在是不想让陛下知道这件事情，认为我平时对手下的人不加管教。但愿江君您能宽恕此事。”江充不听，依然向武帝汇报了。武帝说：“做臣子的就应该这样啊。”江充因此大受武帝的信任何重要，威震京师。亦因此事刘据与江充结下嫌隙，埋下祸根。刘据有一位叫公孙敬声的表兄弟，是其大姨母卫君孺与丞相公孙贺的儿子，公孙敬声凭借自己是皇后姐姐的儿子，行事骄奢不守法纪，居九卿太仆之高位，擅用北军军饷一千九百万钱。
征和元年，事情败露之后被捕下狱。这时，汉武帝下诏欲抓捕的阳陵人朱安世却迟迟未能归案，公孙贺便请命此差以赎公孙敬声的罪过。武帝答应此请。后来朱安世果然被捕成功，却在狱中上书诬告公孙敬声与阳石公主私通以及行巫蛊诅咒天子之事。
征和二年（公元前92年）春正月，抓捕丞相公孙贺，并冠以公孙贺兴利弟子宾客不顾黎民死活等多条罪名，公孙贺父子竟然死在狱中。自此，太子刘据在朝堂之上，再无外家相护。巫蛊案发然而，这场灾祸却并未因公孙贺父子之死而结束。
征和二年（公元前92年）闰四月，诸邑公主、阳石公主以巫蛊之罪处死，卫青之子卫伉及卫长公主之子曹宗亦在连坐之内。后来武帝游幸甘泉宫之时生病，江充看到武帝年事已高，而自己行事狠辣与太子刘据的仁德相背，加之先前已与刘据和卫氏有嫌隙，害怕武帝去世之后被刘据诛杀，便欲先一步构陷刘据。即妄言武帝生病是因为有人行巫蛊诅咒天子。于是武帝命江充为使者治巫蛊之案。
江充指挥巫师四处掘地寻找木偶人，但凡挖到就逮捕周围的人，并以炮烙之酷刑逼供认罪。百姓惶恐之间相互诬告，以此罪冤死者前后共计数万人。至此，天下人心惶惶，京师三辅更是笼罩在一片惊恐氛围之中。而武帝却因年迈体病愈加相信巫蛊之事。江充趁机说宫中有巫蛊之气以致天子之病久不见好。武帝便派遣岸道侯韩说、御史章赣、黄门苏文等人协助江充治巫蛊。江充从后宫中不受宠幸的夫人开始查办，依次延及至皇后卫子夫。
而在皇后宫内一无所获后，征和二年秋七月，江充终是将铁楸挖到了太子东宫，并得到了桐木人偶。刘据没想到自己的宫中会挖出人偶，心中惊惧，而此时武帝却在甘泉离宫中养病，不通音信，刘据无法向武帝证明自己的清白，便招来少傅石德询问对策，石德害怕自己因为是太子师傅的关系被一起处死，于是对太子说：“在这之前丞相父子、两位公主以及卫氏一家都被此事牵连治罪，现在胡巫和来调查此事的官员掘开地面找到了证据，不知道是胡巫故意放在那里的，还是真的就有，我们自己