中，朱由检将这些东西统统剔除，恩萌子弟只领俸禄，不能再参与锦衣卫的管理当中。
整个锦衣卫最高的官职，指挥使到顶，下设两个同知作为副手，四个佥事作为具体管理，以及若干的千户百户等。
锦衣卫被重新划分为四个部分，东西南北镇抚司。北镇抚司对内监察，统领大明内部所有千户所，南镇抚司对内监察，也就是宪兵，同时并掉了经历司，管理锦衣卫内部所有文书档案以及人员的升迁调动，包括指挥使，不在走武选
清吏司的路子，彻底独立出来。
新设的东镇抚司执掌对外情报刺探，主要针对辽东朝鲜等外国情报，也负责一些特种行动，西镇抚司则是掌握密碟系统，之前许显纯提到的就归西镇抚司管理，同时在一些机构中也要埋入密碟，进行监控刺探，比如东厂，比如军队。
这是改革后锦衣卫的主体职能，至于其他的则暂时剥离出来，例如大汉将军、训象所、巡捕房等则由锦衣卫指挥使的副手，指挥同知管理，去留待以后定夺。
当然，朱由检这里提出的只是一个大的框架，具体的工作还需要许显纯去做，锦衣卫流传了两百多年，各方面人才都有，不需要他具体去教。
“距离过年还有两个月，京师的锦衣卫朕已经清理了一边，剩下的就交给南镇抚司了，元宵过后，朕希望锦衣卫开始运转，能做到吗？”朱由检平静的问道。
“微臣定肝脑涂地，誓死完成。”许显纯重重磕了个头。
“很好，从今天起，你就是锦衣卫指挥使，掌锦衣卫事。”朱由检说道。
“微臣谢主隆恩。”
而后，他又看向自己的妹夫，巩永固：“你便是锦衣卫佥事，掌南镇抚司，朕希望这次清查行动能看到你出色的表现。”
不论是初次见面，还是历史上的表现，巩永固给朱由检的印象都很好，既然是个人才，他不介意多给对方一些机会。