写过《正统辩》，认为蒙元应该继南宋的统，而不应该继承辽金的统。
称契丹“枯骨化形，戴猪服豕，荒唐怪诞，中国之人所不道也”、“夫辽，固唐之边夷也”还引用《春秋》、《资治通鉴纲目》为理论依据，肯定也清楚蒙元是什么货色，却装了糊涂，还拒绝过朱元璋的征诏。
这次名列《元史》案的人里，夏伯启，历史和他侄子自断手指拒绝朱元璋征召，称朱元璋在内的各路反元义军为“红寇”，被朱元璋处死籍没，并且把案例列入《大诰》中。
宋濂是历史《元史》主编，私人文集里也请了一大群元遗分子作序，在明朝建立以后还以曾经蒙元官职自诩。江同历史曾经组建乡兵抵抗红巾军，有“战功”，邓愈攻陷徽州时被诱捕，自杀不成只能诈降，后来领兵出征时舍弃在金陵当人质的妻子潜逃。
汪同先后投奔杭州元江浙行省丞相达识贴木尔、苏州降元的张士诚、中原的察罕贴木尔，和察罕商议收复江南的大计，还去大都见过妥懽贴木尔，被“御笔”褒奖为“江南忠义之士”。
陈高的经历和汪同相似，他是元进士，红巾军攻占江南后也是扔下妻子，往来浙闽之间躲避红巾军招揽，后来冒险渡海到山东投入扩廓贴木尔麾下，为他攻取江南献策，几个月后病死军中，被同时北投元的文人痛哭悼念。
戴良曾想和陈高一起到山东投奔扩廓贴木尔，可是他到山东时明军已经挺进到山东，只能回江南了，晚年隐居四明山同吟咏“黍离”怀念蒙元，洪武十五年拒绝征辟自杀。林谏曾任元要兵部侍朗，明军进逼大都前让侄子南下继承宗祀，自己追随远逃塞外。
蔡子英是元末进士，曾入扩廓贴木尔幕中，后来隐藏陕西一带，洪武九年被明军捕获押往金陵，还是坚决拒绝授官，最后朱元璋放他出塞了事。郑玉、马玉麟、陈达、韩准都是心向蒙元，坚决拒绝红巾军和明朝征召激烈自杀的。
这次通过这个《元史》案“引蛇出洞”把这些死心塌地的元遗分子统统一网打尽杀掉了。而且说清楚，如果是在私人文集、书信、墓志铭等著述中怀念一下蒙元也就听之任之了，可是在官修史书、官方文献中称蒙元为正统，污蔑反元义军为“盗贼”、“红寇”就绝不姑息，非杀不可。
这次也有一些漏网之鱼，历史还有一些曾在私人书信、诗文往来中怀念蒙元、隐居拒绝征召，不用明朝年号以示不认同的元遗分子，不过并不激烈，像高启还是个小孩子，就放他们一马了。
最著名的就是《南村缀耕录》的作者陶宗仪，他也是书中开篇就是蒙元历代“皇帝”谱系，称蒙古攻击南宋是南宋劫持使者郝经，是南宋自找的。这次没有跳出来算他运气，他这本书也是一部丰富的史料，就让他继续写出来吧。
之后就是重新搜集史料，组织人手编修宋辽金元历代的《书》，没错是“书”不是“史”，中国古代官修正史，向来有一个规则，只有记载连续多代历史的才能称为“史”，比如《史记》。记载一朝断代历史的，只能称为“书”，比如《汉书》。
这个规则直到宋朝修《新唐书》和《新五代史》时还是严格遵守的，蒙古人不懂这个规则，侵占以后把宋朝一朝的断代史也称为《史》，搞错了，本来以后的历史一时沿袭这个错误，这次沈飞要把这个历史性的错误终结。
搜集史料里有大都收藏的官方典籍，有一些蒙元时文人的私人著作，和《元史》一样很多元遗分子的著作里一边真实描述蒙元统治的很多残暴腐败状况，一边为蒙元歌功颂德，这里面也有很多史料可以挖。
还有从祭奠过的许夫人、陈良臣以及那“江南归附十年，盗贼迄今未尽”，“江南盗贼凡四百于处”的延绵不绝反元起义人物事件，尽量搜集完全，这次连张三丰都被沈飞抓了差，谁让他年纪这么大，是一本活史书呢？
当然还少不了重申“华夷之辨”，从管仲换了老板，却因为讨伐山戎被孔子称赞说明“华夷之辨”重于“君臣之义”，还举例子白起杀降兵，还不是屠杀平民，自己临死也认为是死罪。项羽打到哪里屠杀到哪里，兵败时连一个没有任何政治倾向的普通农民都故意把他骗进沼泽，以衬托蒙古以屠城为常规手段的残暴。
引用《春秋》三传对吴国行为“进”和“返夷”的评价论证韩愈《原道》所谓“夷而进于中国则中国之”的意思是指“进步”、“进化”，而不是一些蒙元无耻文人歪曲的“进入”，无论什么蛮族只要军事侵占进入中原就能被视作中原正统。