先秦时纸还没有发明，文献有限，儒学加诸子都算上也没有多少。唐代就整理了儒学经典《五经正义，主流还宋明理学，从宋初三先生、北宋五子，涉及两宋的濂洛关闽主体理学，加上南方浙东学派永嘉、永康、金华三支，到传承至明代的理气心性四大支流都搜集了原作、找到了传人进行编写。
沈飞看了一下列出的大纲，比起黄宗羲的《明儒学案，理学和气学的比重极大增加了，并且在论述上与自然科学的联系极大加强，几乎成了研究自然科学的指导理论。这并不奇怪，现在科学院性质的就是翰林院的格理分院，就是以格物穷理名义组建。性理上强调性善论，眼睛可能瞎，耳朵可能聋，可是眼睛耳朵的“性”还是能看到、听到东西。人可能因为各种原因为恶，但是人性还是向善的。有点类似于“历史唯物主义”比如强调环境的对个人的影响，而不是把人的行为原因归于个人本身。
另外建虏余孽总算有了消息了，已经逃到了吐鲁蕃，明朝的哈密卫故地，正处在叶尔羌汗国的统治下。当时叶尔羌汗国的统治者是第二代汗拉失德第九子阿不杜热依的儿子阿不杜拉。
阿不杜热依木争夺叶尔羌汗国的汗位失败以后，在吐鲁番建立了一个政权，不断壮大实力，征服了天山以北，准格尔盆地以东的许多小汗国。
天启七年阿不杜热依木去世，他儿子阿不杜拉率兵出征叶尔羌，再次统一了叶尔羌汗国，领土的广大达到了原先东察合台汗国的规模。但是阿不杜拉野心勃勃，并不满足，又出兵伊犁河谷。
这家伙也是非常点背，他正亲自率领军队在伊犁河谷的巩乃斯草原与准格尔部作战时，阿敏带领一万后金兵正好进入了叶尔羌汗国，知道消息后，趁虚而入，先是奇袭吐鲁番，俘虏了阿仆杜拉的兄弟苏里唐，接着又快速突进塔里木盆地，攻占了叶尔羌。
当初被阿仆杜拉赶下汗位的穆罕默德乘机和阿敏结盟联姻，招阿敏为女婿，宣布推翻阿卜杜拉的汗位。老巢被抄，后路不稳，后勤断绝，消息传到伊犁河谷时，还在前线交战的阿不杜拉军心动摇，被准格尔部打得大败。回军途中又被阿敏设计埋伏，几乎被全歼，阿卜杜拉自杀身亡。
到了这一步叶尔羌汗国实际上被阿敏掌控，他通过和原来的叶尔羌汗国贵族联姻的方式，又成了叶尔羌汗国的继承者。一年半以后，阿济格、多尔衮和多铎三兄弟率领的五千兵力又沿途劫掠了一些蒙古部落和牛羊牲畜赶到了叶尔羌汗国，不过这时阿敏在叶尔羌地位已经稳固，他们是后金败亡以后逃窜出来的，反过来证明阿敏当初说的皇太极把后金带进死地，西逃才能寻求生路的先见之明，自然没有什么话语权，只能仍然奉阿敏为主。
阿敏逃到吐鲁番的消息其实三年前就已经传到了北京，不过当时南洋战役刚刚开始，不可能两线作战开启两场战争。何况当时只知道这么一个消息，吐鲁番地区的具体消息并不知道，就以派锦衣卫校事营混杂在商队中先侦察打探消息为主，后来又知道了阿敏掌握了叶尔羌汗国，之后阿济格和多尔衮、多铎的五千人与阿敏汇合，经过扩军目前的总兵力大约五万。
战争的后勤准备则早就开始，后金覆灭以后，蒙古诸部都吓破了胆，再也不敢和明朝为敌。明朝对察哈尔、科尔沁、喀喇沁、土默特等部落都进行了经济控制，收购羊毛建立起了羊毛纺织产业，建立官营钱庄对牧民提供低息贷款等等。
几年经营下来这一带已经建立起了固定商业路线，在战时可以充当兵站补给点，办法是官方和私人并行，实行开中法让商人收购运送粮食兑换盐引和银票，也可以让各地民兵运送官方库存的粮食，也可以收购大量牛马羊，按当年蒙古骑兵的办法，用牛膀胱当作储粮袋储存牛肉松携带行军，多种手段并行保证战时粮食后勤。
当然长途西征最重要的还是准备充足的淡水，沈飞在《战狼2世界刷的特战技能里也有在沙漠戈壁里行军作战的内容，虽然特种作战都是小分队，但是把这些推广也能适用于大军活动，沈飞时不时也去国子监军校客串一下讲师，把这些内容结合这个时代编写成了教材散发到了军中，尤其是西征军队已经每一个士兵都记得烂熟。
趁着南洋战事刚刚结束，全国还处在战时状态中。晚打不如早打，准备了足够物资以后，五万军队留守陕西，孙传庭、曹文诏和曹变蛟率领十五万大军出发，现在各军镇都仿照当年戚家军设立了辎重营，装备有大量战车，平时运输粮草和各种武器装备，战时士兵可以随时转成战兵作战，运输车也可以随时变成车营，合并连成车墙作战。
除了最初过来的京营一千骨干，这些年练兵互相比试时也涌现出一大批人才，有不少都是历史上流寇中大名鼎鼎的人物，李自成、李过叔侄、高杰、袁宗第、刘芳亮、郝摇旗、刘体纯、田见秀、马守应、罗汝才、张献忠都在其中，有些文化的刘国能还成了军宣使，年纪太大的高迎祥作为家属留守了，还是小孩的张献忠收养的几个义子也留守学习。