至渐渐削弱了塞巴斯蒂昂对于女性的恐惧，但是这并不意味着塞巴斯蒂昂在房事上的表现，能够让所有人满意。
甚至为了监督塞巴斯蒂昂国王确实在履行血脉延续的义务，奥地利的凯瑟琳和恩里克主教也顾不得自己的年纪和脸面，直接在二人行房后，还在听塞巴斯蒂昂国王和琼安的墙角。
这让塞巴斯蒂昂国王除了痛苦，便是更加痛苦。
“老天啊！这种日子到底什么时候才能结束？”对于性|冷淡的塞巴斯蒂昂国王而言，每次跟琼安行完房事，他都要抑郁个三四天，然后在上帝的面前痛苦很久，才能再次进入王后的房间。
这让奥地利的凯瑟琳和恩里克主教心急如焚的同时，还必须安慰琼安，避免王后因为心理压力过大，而对生育或是葡萄牙的生活产生不可磨灭的影响。
毕竟除了琼安和奥地利的凯瑟琳，塞巴斯蒂昂国王十分抗拒跟异性接触。
至于琼安……她倒是不觉得被安慰的那一方会产生太大压力，只是时间久了，不仅是奥地利的凯瑟琳和恩里克主教，就连威廉三世和胡安娜王后也开始担心她在葡萄牙的宫廷生活，哪怕琼安再三强调她过得很好，也不能阻止父母的连环轰炸。
好在众人的努力和痛苦都是有回报的。
1576年的春天，在琼安与塞巴斯蒂昂结婚六年后，终于传来了王后怀孕的好消息，令葡萄牙上下都松了口气，但又不能彻底地放下心来。
因为这个年代里，婴儿夭折率还是很高的。
虽然琼安和塞巴斯蒂昂国王都是少病少灾，热衷于骑马打猎的人，但是因为塞巴斯蒂昂国王之前的表现，很多人都怀疑这个孩子会不会意外夭折或是流产。
甚至为了保证琼安能够顺利生产，威廉三世写信派来了最好的助产士和医生，确保琼安能在怀孕期间得到最好的照顾。
而塞巴斯蒂昂国王在完成最重要的任务后，便迫不及待地扬帆起航，去实现他作为基督教船长的梦想，丝毫不理会恩里克一世和奥地利的凯瑟琳对他的挽留，也顾不上已经怀孕的琼安和他未出生的孩子。
好在琼安已经做好了塞巴斯蒂昂国王会在她怀孕后，就扬帆起航的准备。毕竟他们结婚前，塞巴斯蒂昂国王就将未来规划袒露得一清二楚，并且在离开前，还留下一份遗嘱。表示他若不幸战死于沙场，那么将有琼安与他的合法后代继位，并且在对方成年前，由恩里克一世和琼安为它摄政。
而琼安的孩子要是不幸流产，那么将由恩里克主教继位，并且将葡萄牙的未来交给上帝。
塞巴斯蒂昂国王或许预料到人们对他冲动行事的担忧，但是他更相信上帝和琼安不会让葡萄牙迎来毁灭般的内战。
1576年的冬天，琼安在里斯本分娩下一名健康的女婴，她用自己和塞巴斯蒂昂国王共同的祖先，那位传奇的卡斯蒂利亚女王为她命名，标志着在葡萄牙终将迎来一位伊莎贝拉的时代。
1578年的8月4日，阿维什家族的塞巴斯蒂昂一世战死，他的独女伊莎贝拉公主以不到两岁的幼龄继承了葡萄牙王位，成为阿维什王朝的最后一任君主。
与此同时，塞巴斯蒂昂一世的遗孀琼安在恩里克主教的帮助下，宣布为她女儿的摄政王与首席顾问，并且派使者将塞巴斯蒂昂国王为基督教事业战死的消息告知于教皇，希望后者赐福并维护她女儿的统治。
而在之后的十七年里，琼安运用她卓越的出身与不俗的手腕，不仅维护了葡萄牙内部的稳定，更是让葡萄牙避开了国际社会里的宗教之争，同西班牙一起抵抗着来自法兰西的殖民的蚕食，将收支含糊，因为奢靡之风而出现颓废姿态的葡萄牙整顿一新，完成了塞巴斯蒂昂国王的各项改革与在东印度的贸易事业。
1595年的七月，执政多年的琼安王太后主持了伊莎贝拉女王与她的远房表叔，布拉干萨的亚历山大（其母是吉马良斯的凯瑟琳，曼努埃尔一世的孙女）的婚礼，并且在还政于女儿后，起身前往英格兰，去探望她已经退位的父母跟多年未见的兄弟。
关于琼安王太后的传奇，在她离开摄政岗位后并未终止。
1597年的冬天，回到葡萄牙的琼安在女儿的恳求下，出任葡萄牙驻西班牙大使。在就职期间，琼安出面担保了因为被指控私吞钱财，而锒铛入狱的塞万提斯，并且在之后的很多年里，不仅成了塞万提斯夫妇的保护者和资助者，更是和纪尧姆一起，促成了塞万提斯和莎士比亚的历史性会面，在史书上留下了相当精彩的一笔。
1599年的夏天，已经四十六岁的琼安在女儿女婿以及好友塞万提斯夫妇的见证下，跟年过半百的西班牙将领唐.胡安在西班牙的某处小教堂里低调完婚。
他们在之后并没有留下一男半女，但是琼安却通过种种方法，让唐.胡安的两个私生女合法化，并且唐.胡安的小女儿胡安娜还成为继妹伊莎贝拉女王的私人秘书与首席侍女。
1630年的春天，七十六岁的英格兰公主兼葡萄牙前任王后琼安病逝于里斯本。
按照她的遗嘱，伊莎贝拉女王将母亲和继父合葬于葡萄牙皇家图书馆后的小教堂里，并且将琼安的心脏送往英