阮元等人一路东行，很快在天津见到了许兆椿，与他交接了漕运总督印信之后，阮家行船便也与暂留天津的许多漕船一道南下。至十月份，阮元一行终于抵达淮安，也住进了漕运总督部院之内。
淮安在清中叶时，正处于运河和黄河交汇之处，南方六省漕船，俱要从此北上，而南河总督所驻之处，就在淮安府城之北的清江浦，是以运河之上，从来船行如织，往来不绝。而数以万计的船只过境，也让淮安商贾云集，店铺林立，以供漕帮歇脚饮食之用，更兼淮安地处淮盐产区与扬州之间，也有不少盐商往来城中，更使得淮安食宿衣着之繁侈，几与扬州一般无二。淮安府城下属山阳县，在雍正年间有丁口十六万，而嘉庆一统志所载淮安全府人口，已达一百六十三万之数，淮安府志亦有言曰水陆之冲，四方辐辏，百工居肆，倍于土著。淮安此时繁盛之景，可见一斑。
漕运总督府位于淮安府城正中镇淮楼之北，亦是历史悠久，自元朝之时，便为肃政廉访司所在，明初为淮安卫，万历时移漕运总督于此处，至清不变。经过百年扩建，这时漕运总督部院除了大堂、大楼、后厅等正堂，亦有书吏房二十余间，兵勇房三十余间，气象森严，不下各省巡抚部院。阮家诸人见了漕督部院这般气象，也自然连连赞叹。
“没想到啊，过了三年，夫子又可以出镇一方了。这总漕部院看着啊，却也和巡抚部院一样呢。”孔璐华对阮元说道。
“是啊，漕运总督本来官品就同于巡抚，只不过职分之上，略有不同罢了。”阮元也点了点头，不觉感慨道“三年了啊既然来了这淮安，也总要对得起这个漕运总督之职啊。”
“夫子还是一样呢不过眼下漕船都回江南去了，夫子就算想做些什么，现在也不是时候啊”
“怎么不是时候了夫人，我来的时候可就听说了，江西有十艘漕船，因水患迟延了数月，如今方到淮安，正想着将漕粮暂时留在这里粮仓，待来年一并北上呢。我这就去看看，或许啊，能寻出些头绪呢。”看起来阮元对于这次外任漕督，早已做好了准备。
“哈哈，夫子还真是勤快啊。”
不想阮元之言竟一语成谶，两日之后，在清点漕粮之时，阮元果然发现了其中问题。
“这里十艘粮船，所运漕粮都清点清楚了吗”阮元向下属书吏问道。原来这一日，阮元亲自来到了运河对岸的盘粮厅，与督署书吏一并清点了十艘船上漕粮，阮元左右各有一名书吏，正在清理账目，厅前尚有十余名水手，一名旗丁，正在等待阮元的清理结果。
“回漕帅，这里所有漕粮，都已经清点完毕了。”阮元左首那书吏答道，所谓“漕帅”便如“中丞”一般，是当时对漕运总督的一种简便称谓。
“你们这是怎么回事”阮元听了书吏之言，当即对那旗丁怒道“李祁运，我看你做旗丁也有七年了，一艘漕船应该载运多少漕粮，你心里不清楚吗你看看这笔账，你十艘粮船之上短缺漕粮，已有五百七十石之多你说说，若是这短漏漕粮之罪坐实，你该当何罪”
“漕帅大人，都是小人的错，是小人该死啊”那李祁运从来听闻阮元精于数算，眼看阮元说出他漕船亏漏之数，也不敢再行辩驳，只跪在了地上，对阮元哭道“漕帅大人，小人小人们也是迫不得已，生计为之啊，大人，小人以后一定严驭下属，绝不使漕运再有短漏漕粮之事，还请大人饶命啊”
“迫不得已那你可知，你们短少的漕粮是什么情况吗”阮元果然没有留情，而是继续对他斥道“你等漕帮旧制我也清楚，一年漕运四百万石，共有粮船一万艘，这样看来，每艘粮船当载米四百石，你十艘船少了五百多石米，相当于说每一艘船，都出现了八分之一的亏损若是所有漕帮都像你一样办事，一年朝廷正赋漕粮要少五十万石，那国库还如何充实，国家亏空，还能怎么去补上”
“大人，这实不相瞒，这些事，小人也想管啊。可是可是小人也管不了啊”李祁运看着阮元声色俱厉，更是泣不成声，道“大人或是初任漕帅，这些事大人还不知情，其实沿漕水手，这些年来大多生计短绌，入不敷出，若是若是仅靠现下这些微薄收入，根本就养活不了自己啊所以所以下面有些私贩漕粮的事，小人也只能睁一只眼闭一只眼了，大人是小人不这么做，小人这旗丁之职，也保不住了啊”
“这是你等偷漏这许多漕粮的理由吗”阮元依然不肯放松，对下面旗丁水手斥道“你们一艘漕船少了五十石米，这些米分到你们身上，每个人就算五石吧，这都是上等漕粮，依市价，能给你们折十几两银子出来了你们一次运粮津贴四两，这是皇上十几年来给你们涨了两番的结果，可你们偷粮食换的钱，是你们津贴银的两倍不止你们就算平日入不敷出，需要再行补贴，也用不了这么多银子更何况，朝廷也有定例，你等北上之后，自可运送商货南下贩卖，用以补贴用度，即便如此，你们还嫌不够吗”
“大人，这这水手的四两银子，实不相瞒，根本就不能足额发放啊”不想李祁运却继续对阮元道“大人有所不